Im dritten und letzten Abschnitt des Studiums steht die Patientenbehandlung im Fokus. Die Studierenden behandeln hier in vier integrierten Kursen unter Aufsicht von Assistenzzahnärzten und – ärztinnen ihre eigenen Patienten. Dabei sind die Kurse der Zahnerhaltung und der Zahnärztlichen Prothetik nicht mehr voneinander getrennt, wie es nach der alten Ordnung der Fall war.
Zur Verknüpfung von fächerübergreifendem Wissen sieht die neue Ordnung neben den bereits bestehenden Veranstaltungen sogenannte Querschnittsbereiche wie Notfall- oder Schmerzmedizin vor. Außerdem ist vor der Anmeldung zum dritten Abschnitt der Zahnärztlichen Prüfung die Teilnahme an einem Wahlpflichtfach vorzuweisen. Neu ist zudem auch eine obligatorische Famulatur von vier Wochen (bzw. zwei mal zwei Wochen) in der vorlesungsfreien Zeit.
Der letzte Abschnitt der Zahnärztlichen Prüfung setzt sich aus einem mündlich – praktischen und einem schriftlichen Teil zusammen. Prüfungsfächer des mündlich – praktischen Parts sind neben jenen des zweiten Abschnittes der zahnärztlichen Prüfung die Zahn-, Mund- und Kieferkrankheiten sowie die zahnärztliche Radiologie. Darüber hinaus werden schriftlich neben den Querschnittsfächern die Fächer Pharmakologie und Toxikologie, Hygiene, Mikrobiologie und Virologie, Innere Medizin, Dermatologie und Allergologie geprüft.